奥林巴斯CellSens图像分析软件

奥林巴斯cellSens平台打造了基于操作人员偏好工作流的独特个性化及直观成像体验。 cellSens可实现对图标、工具栏和控件显示及位置的全面控制,简化了桌面,并提高了工作效率。

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  • 品牌: OLYMPUS/奥林巴斯
  • 型号: CellSens
  • 类型: 图像分析软件

cellSens软件包

cellSens Entry

cellSens Entry是初次进行数字图像采集和文件记录的研究人员的理想选择。奥林巴斯的cellSens Entry通过独特的定制化界面对相机进行控制,确保了每一位用户都可以使用自己的设置采集到想要的图像。

cellSens Standard

奥林巴斯cellSens Standard是基于cellSens Entry的升级软件包,图像采集不限于单一图像,同时具有高级图像采集处理能力 (比如延时处理) ,并可以控制电动和编码显微镜组件。测量功能也得到扩展,具有多种形态参数,以及交互功能且不会影响已测量过的图像即可自由编辑测量目标:仅需要单击即可将所有结果导出到Microsoft Excel。cellSens Standard采用了可以增加更多的“Solutions”以增加更多的功能,因此具有可扩展性。全景成像和景深扩展使显微镜不再受到其光学成像的限制,而NetCam功能使该设备能够方便而自由地通过局域网或互联网投射实时图像,用于协作和教学目的。

cellSens Dimension

奥林巴斯cellSens系列产品中最全能的成员是cellSens Dimension,它具有一种独特而突出的性能,即新的图形化实验管理系统。不用花费时间培训,初学者仅需点击几次鼠标,“制定”出实验计划,即可完成对复杂研究的成像以及稳定的控制。以自动循环、用户交互和全方位的硬件控制来完成复杂的实验,并从一次实验中自动产生多个结果。cellSens Dimension进一步以cellSens standard的功能为基础做了升级,提供包括Z-序列采集、 自动对焦和实时图像的去模糊等功能。除了能够控制第三方高端相机和光源外,还可以使用高级分析工具快速处理采集到的数据,然后轻松地发送到可定制的报告中,使报告编辑人可以很容易地直接使用Microsoft Word进行编辑。此外,还具有被称为“Solutions”的选配扩展插件,以实现一些高级或其他特定的功能。

cellSens Dimension Desktop

离线处理和分析。可将任何计算机变为一个处理和分析工作站。离线软件包不包括显微镜成像系统,仅用来实现图像处理和分析。

直观操作进行高级的图像采集

图形化试验管理器(GEM)

与常见的面板式复杂界面不同的是,图形化试验管理器(GEM)采用灵活的拖放式界面在cellSens工作区构建简单或复杂的试验。 用于发出特定命令以及确定自动化和成像优先次序的动作整合在专用框架内部。 可在一个或多个试样位置轻松获得多通道成像、Z轴叠加成像、或延时扫描取图。 利用cellSens高端设备解决方案,图形化试验管理器(GEM)¿ÉÒÔ通过同时控制两个相机或者图像分屏器实现双通道同时成像。 图形化试验管理器(GEM)可容许使用者在自动化过程中与系统交互动作,从而应对试样所发生的不可预见变化,由此节约了时间,并避免重复工作。

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多维成像

与电动显微镜组合使用时,进程管理系统很方便的采集多色和多维图像。使用选配的多位点解决方案还可以自动采集多点和大视野图像。

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多孔板导航器

多孔板导航器可自动扫描并采集标准及定制孔板格式的图像。 所有采集到的图像、试样位置、以及使用者备注均可保存在结构化数据库内,供快速集中访问使用。 简单的点击动作即可移动到任一孔的中心。 可按行或列单独选定孔,也可按不连续的分组选择。 一步操作即可将唯一多维采集设置应用到单孔或多个选定孔上。 此外,多孔板导航器可容许在单孔板内进行多个试验,为更为复杂的试验提供支持。

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全景成像

手动多图像拼接功能可以实时创建全景图像。 采用cellSens Dimension和选配的多位点解决方案也可以完全自动操作电动载物台进行大视野成像。此功能还可以与电动z轴对焦组合使用,图像采集时,自动校正样本扭曲和倾斜。

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景深扩展成像

用户通过样本缓慢对焦时记录下图像数据,EFI功能*能自动创建一个全景对焦图像。如果使用了电动对焦显微镜,则可以完全自动实现EFI处理。此类EFI功能,作为采集处理的一部分,或通过组合以前采集的多个Z-序列图像来创建。

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* 此功能需要 “Dimension”版本或带“手动处理”解决方案的“standard”软件包。

复杂的图像处理

光谱拆分

cellSens Dimension中使用了线性分离算法,可以随时分离重叠在发射光谱里的荧光物质—比如GFP和 YFP — ,以产生无串色的荧光图像。这种线性分离工具也可以分离与自发荧光相关的背景。

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反卷积

cellSens Dimension包括用于实时预览和采集的实时2D去模糊功能,能够对厚标本进行更好的对焦。此外,cellSens里具有更先进的3D反卷积技术,重 新处理焦外信号。选配的CI反卷积解决方案使用了最新的限制迭代算法,以行业领先的技术改善了分辨率、对比度和动态范围。

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细胞系:人类宫颈癌细胞系HeLa细胞
免疫荧光染色:Hec1染色(绿色,Alexa- 488),a-微管蛋白染色(红色,Alexa- 568),DAPI染色(蓝色)
来源于人类宫颈癌的有丝分裂HeLa细胞。有丝分裂纺锤体与着丝粒分别用anti-a-tubulin(红色)和anti-Hec1(绿色)抗体染色。通过着丝粒,染色体与微管相互作用构成有丝分裂纺锤体,蛋白质结构装配在染色体的着丝粒区域。
图像数据由日本东北大学癌症发展研究所,分子肿瘤学系的Masanori Ikeda和Kozo Tanaka提供。

最佳焦点提取

从图像中提取最佳焦点,包括Z-序列延时图像。即使在众多离焦延时图像中,此功能也能以可能的最佳焦平面创建T-系列图像。

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高动态范围 (HDR) 成像

HDR功能以不同的曝光时间自动采集多个图像,通过这种方法创建具有更高的动态范围图像,这种图像可清晰地显示低强度信号,又不会过度曝光样本的明亮区域

相机和设备解决方案

用于cellSens Dimension的高端相机解决方案

为满足高级研究人员的需求,高端相机解决方案允许cellSens Dimension配置一些最新的EM-CCD相机。相机控制面板增加一些其它的控制,允许在常规的cellSens界面中轻松地使用高端相机。

用于cellSens Dimension的高端设备解决方案

高端设备解决方案允许cellSens使用一些高级设备,比如影像分割器和量压电动Z轴设备,从而极大地提高最大采集速度。该解决方案可以控制Yokogawa CSU-X1转盘共聚焦设备,允许cellSens用户实时追踪活样本快速动态的活动,并采用奥林巴斯实时控制器获取可靠的结果。

多样的分析方法和宏工具

用于测量和分类的自动目标识别

采用计数和测量解决方案可以进一步扩展多种测量方式。cellsens软件中广泛的手动测量功能可进一步扩展成计数和测量方案。在交互式界面识别目标的自动测量和分类总是与测量链接在一起。结果可以很方便的导出到Microsoft Excel中做进一步分析。

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宏管理器

宏管理器用于创建进行诸如图像采集和数据分析等常见自动化工作流的宏。  宏命令可同时应用于多个图像,并可显著缩短完成复杂成像和图像分析所需的时间。

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图像比较 (同步图像窗口)

采用同步缩放和移动并排显示图像,进行精确比较。

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手动测量

点间距离、面积、强度测量值、以及形态参数可利用cellSens测量工具进行查看。 测量数据可作为图像层保存,并可导出为微软Excel格式以及cellSens工作本格式,也可使用免费的图像查看软件包OlyVIA查看。

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密度分析

图形化描述根据感兴趣区域(ROI) 确定的强度和比率,并调整感兴趣区域(ROI)的位置,为细胞运动提供补偿。 将数据直接导出为Excel格式 利用强度调制显示功能(IMD)将不同的强度转换为色调和亮度,突出显示比率或FRET图像经常可见的细微图像结构。 比率/FRET解决方案可用于显示和分析实时比率成像和数据。 该人性化工作流亦可为敏化发射和受体光漂白的FRET分析提供支持。

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该照片操作解决方案可用于FRAP图像的曲线拟合分析。

细胞融合测量

利用相位对比图像测量细胞数量和融合。 由于一次可测量多个图像,因而使用者可轻松平均数据,并生成细胞生长曲线。

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动目标计数和分类 – 点击计数

cellSens点击计数功能允许研究人员进行便捷的手动细胞计数。点击鼠标标记细胞或其它目标,计数并自动分配给用户定义的目标分类。为了完成进一步的分析或文件记录,cellSens能够方便地将数据导出到MS excel。

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创建报告和数据库

报告

只需简单的拖拽操作即可使用便捷的报告工具将图像与参数数据、测量数据和用户定制文档组合进报告模板里。这些Microsoft Word*报告能够实现与同事的快速而轻松的合作,以及交流结果。

* 需要Microsoft Word version 2007或后续版本

数据库

数据库核心解决方案允许创建用户定义的数据库,具有完全的访问控制权限,可以实现网络共享。数据库不但收集图像,还包括所有相关的图像参数、用户评论和任何相关的文件,比如用于其它文件的电子表格。交互式查询工具使其可以更容易地找到所需的数据,自动预览找到的图像。使用数据库客户解决方案可以从不同的工作站便捷地查看和修改共享数据库。

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数据库+孔导航器

在配合孔导航器解决方案使用的情况下,该数据库解决方案利用大量数据能够极大地提高多孔板图像的观察和分析效率。 通过点击图标查看诸如日期、文件名称、或孔板编号等图像信息,可对所采集的任何一组图像进行深入分析。 该解决方案还可通过孔板图形用户界面(GUI)查看所采集的图像,并对选定图像进行连续分析(批处理宏功能)。

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可扩展性

远程实时图像

cellSens NetCam解决方案使用了标准的TCP/IP协议,能够方便地用网络传送实时图像和保存的图像用于教学、监视或监督。因此,即使在实验室以外,同事或监督员也可以从网络上的任何点进行监视,从而提高了实验室的效率。

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解决方案

使用选配的“Solutions”可以将每个cellSens软件包扩展到指定的应用。

功能

Entry

Standard

Dimension

CI反卷积

-

-

x

多位点

-

-

x

多孔板导航器

-

-

x

计数和测量

-

-

x

比率

-

-

x

图片处理

-

-

x

数据库核心

-

x

x

Net Cam

-

x

x

数据库客户端

x

x

x

多通道采集

-

x

-

手动进程

-

x

-

高端相机

-

-

x

高端设备

-

-

x

个性化和用户界面

黑色皮肤

黑色皮肤减少了计算机显示器产成的环境光,使cellSens用户可以适应变暗的环境;图标保持高反差,以便于识别和快速选择。

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可定制的窗口布局

可以安排工具和窗口,以适合正在进行的工作,优化布局的功能。

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工作流定向布局标签

所有常见的功能都集成在标签里,组合了所有相关的选项和设置。这些布局标签允许用户根据特定的工作流程轻松地选择想要功能。例如,在采集标签下显示相机控制性能。切换到下一个进程标签时,则从视图去掉了这些显示。

我的功能

cellSens使用户可以为常用的功能创建并保存定制的工具栏,然后保存到我的功能窗口。

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技术规格

cellSens功能及选配解决方案

Dimension版

Standard版

Entry版

布局

用户体验定制

视图

多图叠加

-

用于图像并排比较的文件组

影像回放

平铺视图(单一数据中并排显示的多图)

用于通过直角平面查看3D或延时数据的切片视图

-

-

用于3D和4D数据等值和容积显示的立体像素视图

-

-

图像采集

拍照/录像

设定时间间隔的延时

-

自动多波长

多通道采集

-

Z-序列

-

-

多维(xyzt和波长)

-

-

图形化试验管理器

-

-

手动辅助全景成像(手动MIA)

手动处理

-

多点图像采集和载物台导航器

多点

-

-

自动全景成像(自动MIA,需要电动载物台)

多点

-

-

即时EFI图像(手动或电动Z)

手动处理

-

同时多色成像(需要两个完全相同的摄像头或图像分割器)

比率/高端设备

-

-

实时去模糊

-

-

高动态范围成像(HDRI)

-

-

多孔培养皿图像采集

多孔培养皿导航器

-

-

多点

图像处理

几何/组合/滤镜处理

-

荧光光谱拆分

-

-

明场光谱拆分

-

-

去模糊(无/ 最邻近算法,Wiener滤波算法)

-

-

2D反卷积(限制迭代反卷积)

-

-

3D反卷积(限制迭代反卷积)

CI反卷积

-

-

图像分析

区域和线测量

-

相位分析

-

-

目标分析和分类

计数和测量

-

-

交互式测量

✓*

随时间/z变化的强度图

-

-

共定位

-

-

在线比率和动力学

比率/FRET

-

-

比值分析(离线)

-

-

FRET分析

比率/FRET或高端设备

-

-

FRAP分析

图片处理或生命科学分析

-

-

细胞计数和融合测量

融合检测器

-

文件记录和协作

自动生成Word报告

-

-

显微镜检查的数据库图像和数据管理方案

数据库核心版

数据库核心版

-

将图像/文件保存到数据库,以及从数据库调入

数据库客户版

数据库客户版

数据库客户版

远程

远程实时图像查看

网络摄像头

网络摄像头

-


标签: CellSens 软件

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